Kiedy T CD4 + spadek liczby komórek poniżej krytycznego poziomu 200 komórek na μL, odporność komórkowa jest utracona, i zakażeń oportunistycznych różnych drobnoustrojów występują. Pierwsze objawy często zawierają umiarkowane i niewyjaśniona utrata masy ciała, nawracające zakażenia dróg oddechowych (np. zapalenie zatok, zapalenie oskrzeli, zapalenie ucha środkowego, zapalenie gardła), zapalenie gruczołu krokowego, wysypki skórne, owrzodzenie i ustnej. Często zakażenia oportunistyczne i nowotwory, które w większości są zazwyczaj kontrolowane przez solidne CD4 + T komórkowego immunitetu następnie zacząć wpływać na pacjenta. Zazwyczaj traci odporność na początku ustnego Candida i Mycobacterium tuberculosis, co prowadzi do zwiększonej podatności na jamy ustnej (pleśniawki), gruźlica. Później reaktywacji wirusów opryszczki utajonych może powodować nasilenie nawrotów opryszczki wykwitów simpleks, półpasiec, Epstein-Barr virus-induced chłoniaków B-komórkowych, lub mięsaka Kaposiego. Zapalenie płuc wywołane przez grzyba Pneumocystis jirovecii jest powszechna i często śmiertelne. W końcowej fazie AIDS, zakażenie wirusem cytomegalii (inny wirus opryszczki) lub Mycobacterium avium complex bardziej widoczne. Nie u wszystkich pacjentów z AIDS uzyskać wszystkie te zakażenia i nowotwory, i że istnieją inne nowotwory i zakażenia, które są mniej widoczne, ale nadal znaczące. Jednym z etapów jest etap latency. Silne obrony immunologicznej zmniejsza liczbę cząstek wirusa we krwi, oznaczenie początku zakażenia klinicznego fazy latencji. Clinical opóźnienia mogą różnić się od dwóch tygodni do 20 lat. W tym wczesnym etapie zakażenia HIV jest aktywny w narządach limfatycznych, gdzie duże ilości wirusa zostać uwięzione w komórkach pęcherzykowych dendrytyczne (FDC) sieci Otaczających tkanek, które są bogate w komórki T CD4 + mogą się zarazić, a cząstki wirusa gromadzić zarówno w komórkach zakażonych wirusem i za wolne. Osoby, które są w tej fazie są jeszcze zakaźne. W tym czasie, CD4 + CD45RO + limfocyty T wykonywania większości obciążenia.